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制备型高效液相色谱法是通过高负载、高分离度的制备柱来实现高纯度分离的色谱分离方法，其特点在于：(1)采用高柱效色谱柱，分离效率高；(2)应用范围广，对极性和非极性、离子型和非离子型、小分子和大分子、热稳定性和热不稳定性化合物均具有较好的分离效果，在药物研究领域具有不可替代的地位；(3)处理量大，能够满足不同的分离需求；
黄酮类化合物是由两个苯环通过三碳链相互连接而成的，具有C6–C3–C615个碳原子基本骨架的一类物质，其广泛分布于各种药用植物中，尤其是花、叶部位，约20％的中草药中都含有黄酮类化合物，资源丰富。目前已知的具有生物活性的黄酮类化合物有很多，其活性主要包括抗心血管疾病、抗肿瘤、抗氧化、抗病毒等。
从植物、动物、微生物等天然材料中发现结构新颖且具有药理活性的天然产物并进一步开发成新药，是人类预防和治疗疾病的重要渠道，也是国际天然产物领域关注的研究方向。采用高效、高分辨、多功能的分离技术是开展天然产物研究的关键环节之一。近十几年来，制备型高效液相色谱法是天然产物化学研究中应用相对普遍、有效和相关技术发展较快的分离纯化方法。
萜类化合物是由异戊二烯或异戊烷以各种方式连接而成的天然化合物，具有祛痰、止咳、镇痛等生理活性。此类化合物的制备通常采用以C18为填料的反相色谱柱、甲醇–水溶液为流动相，调节洗脱强度时加入异丙醇、正己烷溶液，流速控制在3～10mL／min。朱玲娟等利用高效液相色谱仪和C18反相色谱柱(250mm×10mm，5μm)从荚果蕨中分离出了9种高纯度的倍半萜类单体化合物，均为从荚果蕨属植物中分离得到。此项研究发展了分离纯化荚果蕨中倍半萜类的分离方法。
甾体类化合物(steroids)是基本母核为环戊稠多氢化菲的一类天然化合物，其在维持生命、调节性功能、治疗皮肤疾病及控制生育等方面具有重要的生理、药理作用。甾体药物主要是指甾醇的衍生物,其可分为肾上腺皮激素、雄性激素、雌性激素和孕激素。各类型的甾体药物都可以用HPLC成功的分离例如炔诺孕酮用内标法测定含量。现代制备型高效液相色谱(Pre-HPLC)在中药及天然产物成分的分离纯化、对照品的制备、对映体的拆分、杂质的分离纯化以及生物制药方面得到了广泛的应用。
